Prema novom Zakonu o porezu na dodanu vrijednost, koji je na snazi od 1. srpnja 2013. godine, svi obveznici poreza na dodanu vrijednost dužni su do 28. veljače 2014. sastaviti i Poreznoj upravi predati konačni obračun PDV-a za 2013. godinu.
Do 2012. godine samo su obveznici koji PDV plaćaju prema naplaćenim naknadama bili obvezni do kraja veljače sastaviti konačni obračun, a obveznici koji PDV plaćaju prema zaračunanim isporukama imali su rok do kraja travnja. Od 2013. godine za sve obveznike PDV-a krajnji rok za dostavljanje konačnog obračuna PDV-a je zadnji dan veljače. Godišnji obračun PDV-a za 2013. godinu obuhvaća razdoblje u kojem su se primjenjivala dva zakona o PDV-u: raniji, koji je bio na snazi prije ulaska Hrvatske u članstvo EU, i novi, koji regulira obračun PDV-a usklađeno s pravilima plaćanja PDV-a na jedinstvenom tržištu EU. Obračun se sastavlja na obrascu PDV-K, čiji sadržaj je uređen propisima iz drugog polugodišta 2013. godine, a u njemu treba obuhvatiti podatke za cijelu 2013. godinu. Inače, za 2014. godinu primjenjivat će se novi obrasci, oni koji su propisani zadnjim izmjenama propisa o PDV-u iz prosinca 2013. godine. Svi obveznici PDV-a dužni su Poreznoj upravi dostaviti obrazac PDV-K u elektroničkom obliku, u sklopu sustava ePorezna. Više nema predaje PDV obrazaca u papirnatom obliku.
Kada su moguće razlike Godišnji obračun PDV-a za neke je obveznike PDV-a identičan sumi obveze za PDV i prava na pretporez iskazanih u 12 mjesečnih odnosno u četiri tromjesečna PDV obrasca, već ovisno o tome jesu li tijekom 2013. bili mjesečni ili tromjesečni obveznici. Razlike će se odnositi na možebitne naknadno utvrđene pogreške u obračunu, na obveze prema osnovi inventurnih manjkova ako nisu bile iskazane u obračunu za prosinac 2013., na naknadno primljene ili dane popuste i sniženja zbog ranijeg roka plaćanja, naknadno odobrene rabate na kupljenu količinu i druge ispravke izdanih i primljenih računa. Pravila ispravljanja računa nisu se izmijenila i porezni obveznik može ispraviti svoju obvezu za PDV samo nakon što primi pisanu obavijest da je njegov kupac za isti iznos ispravio pravo na pretporez.
Razlike između kumulativa mjesečnih/tromjesečnih obračuna i konačnog obračuna PDV-a dogodit će se i kod većine poreznih obveznika koji su tijekom 2013. godine osim oporezivih, obavljali i isporuke oslobođene PDV-a. Oni ostvaruju pravo na pretporez s ulaznih računa za nabavke koje koriste za oporezive isporuke, nemaju pravo na pretporez s ulaznih računa koji se odnose na nabavke namijenjene za oslobođene promete, a za nabavke koje se odnose i na oporezive i na oslobođene isporuke tijekom godine odbijali su pretporez na temelju izračunanog postotka učešća oporezivih u ukupnim isporukama prema podacima za 2012. godinu. To je cijele 2013. godine bio privremeni podatak, tek u konačnom obračunu za 2013. treba na temelju preciznih knjigovodstvenih podataka o ostvarenom prihodu utvrditi stvarno učešće oporezivih u ukupnim isporukama i na temelju tog podatka, ako postoje razlike, u PDV-K ispraviti iskorišteni pretporez, na više ili na niže.
Ispravljanje pretporeza Ako se pokaže da je pravo na pretporez veće, ta se razlika iskazuje kao potraživanje za naknadno utvrđeni pretporez i kao prihod, a ako je pravo na pretporez manje od onoga što je korišteno na temelju privremenog podatka, taj se iznos iskazuje kao smanjenje pretporeza i dodatni rashod poslovanja. Obveza ispravljanja pretporeza odnosi se i na dugotrajnu imovinu za koju je u ranijim godinama djelomično odbijen pretporez prema postotku koji se primjenjivao u godini nabavke. Dugotrajna imovina se radi možebitnog ispravka iskorištenog pretporeza prati u razdoblju od pet godina, a nekretnine u razdoblju od deset godina, na način da se pravo na pretporez uslijed izmjene postotka odbitka pretporeza u svakoj godini korigira za jednu petinu odnosno za jednu desetinu nastale razlike. Ispravak pretporeza ne provodi se ako ukupna razlika koju treba ispraviti za određenu godinu nije veća od 500 kn.
Obveznici PDV-a koji su u drugom polugodištu 2013. godine obavljali transakcije s poduzetnicima iz drugih država članica EU su uz mjesečni obrazac PDV podnosili i dodatne obrasce: Prijavu stjecanja iz država članica EU i Zbirno izvješće o isporukama u druge države članice EU. Ti se obrasci sastavljaju samo kao prilog obračunskoj prijavi tijekom godine, ali ne i u kumulativnom godišnjem obliku. Također, neki mali porezni obveznici koji nisu upisani u registar obveznika PDV-a u drugom polugodištu 2013. zatražili su PDV identifikacijski broj jer su prešli prag stjecanja ili su s odrekli praga stjecanja, pa su slijedom toga podnosili PDV izvješća za mjesece u kojima su obavljali transakcije s državama članicama EU. Oni nisu obveznici PDV-a s punim opsegom prava i obveza i ne sastavljaju PDV-K.